2013年9月，中国棉花协会棉农合作分会和新疆华泰棉花专业合作社，分别对内地12个省和新疆自治区310个县（市、团）2766户棉农调查了棉花采摘和交售情况，并进行第四次测产。调查结果显示：9月西北内陆棉区大部棉区多晴少雨，基本有利于棉花吐絮采摘，内地部分棉区出现阴雨寡照，对棉花生长采摘有一定影响。全国产量预测与上月基本持平，部分棉区质量有所下降。受新疆棉花发育期明显推迟影响，全国棉花采摘进度慢于上年，交售进度也较为迟缓。交售价格开秤初期价格较高，9月中下旬有所回落，平均价格同比小幅上涨。
棉花播种至9月底，全国气象条件与常年相比为适宜，但差于去年同期，棉花总体长势基本正常，单产同比小幅下降，预计全国棉花总产量693万吨，同比减少10.4%， 与8月预测持平。
按照被调查棉农预测产量、采摘量和交售量计算，截止9月底，全国棉农平均采摘进度44.5%，较去年同期减慢10个百分点，其中内地进度快，新疆进度慢；交售进度16.7%，同比减慢10个百分点；平均交售价格8.42元/公斤，同比上涨4.6%。
黄河流域南部棉区9月多晴好天气，有利棉花吐絮及采摘晾晒；北部棉区中下旬出现连续阴雨天气，下旬后期雾霾天气较多，日照不足，影响棉花正常吐絮。截止9月底，全流域平均采摘进度65.2%，同比加快5.5个百分点，除天津进度不足五成、同比略慢外，其余各省均已超过六成、快于去年。受前期天气条件影响，流域内烂桃数量较少，棉花品质好于往年。开秤初期，价格稍高于去年，棉农交售了部分前期采摘的棉花，中下旬价格有所下调，棉农惜售情绪加重，一方面棉农对价格不太满意；另一方面，加工企业为交储严控质量，经纪人参与收购减少，部分地区有价无市，交售进度虽快于上年，但与采摘数量相比仍较迟缓。截止9月30日，交售进度为10.2%，同比加快2.2个百分点。9月棉农平均交售价格为8.38元/公斤，同比上涨2.6%。尽管价格略有上涨，但仍低于棉农预期，棉农植棉积极性继续下降，多数表示明年少种或不种棉花。
长江流域棉区大部上中旬阴雨天气较多，气温偏低，日照较少，导致蕾铃脱落增加，纤维品质下降，下旬湖北、湖南等棉区又出现暴雨，棉花采摘受到一定影响。由于前期干旱，流域内棉花吐絮期提前，采摘进度已超过六成，明显快于去年。截止9月30日，全流域平均采摘进度为60.9%，同比加快13.4个百分点，其中因湖北、湖南两省已经超过七成，江苏省进度较慢，不足五成。尽管采摘进度明显加快，但由于受灾影响，棉花品质较差，不能完全满足交储要求，价格低于其他棉区，棉农不愿交售，交售进度迟缓。截止9月30日，交售进度20.8%，与上年基本持平， 9月平均为8.01元/公斤，同比上涨0.56%。其中湖北和湖南两省，今年旱灾严重，单产下降幅度较大，棉农反映目前的价格连成本都收不回来，明年植棉积极性大幅下降。
新疆棉区9月大部时段天气晴好，有利棉花吐絮采摘，但中旬后期部分棉区降水偏多，气温偏低，加之北疆部分棉区出现霜冻，棉花提前停止生长，对品质也有一定影响。受棉花生长期天气条件影响，新疆成熟期普遍推迟，采摘进度明显慢于上年。截止9月30日，全疆平均采摘进度仅有22.4%，同比减慢32.1个百分点。新疆棉农没有存棉习惯，采摘后多立即交售，交售进度与采摘进度基本一致，为20.3%，同比减慢了24.6个百分点。新疆棉花品质较好，交售价格较高，全月籽棉平均交售价格8.64元/公斤，同比上涨8.14%。新疆今年拾花工短缺现象依然普遍存在，拾花费用上涨至2元/公斤以上，如果后期出现降雨等问题，棉农将无法及时采摘棉花，可能导致棉花品级和收益大幅下降。由于成本继续上涨，而今年收益还要受到后期天气、价格等因素影响，新疆棉农明年植棉积极性仍存在不确定性。